《PLOS Medicine》|超低深度全基因组测序和片段组学分析可实现神经纤维瘤良恶性判断

ZAODX
2021-09-02
早筛网讯：近日，一项发表在《PLOS Medicine》的研究表明，一项新的血液测试，可以在高危人群中发现癌症的早期形式。该研究成果来自华盛顿大学医学院和美国国家癌症研究所的研究小组，具体来说，研究发现可通过分析循环肿瘤DNA（ctDNA）特征，对神经纤维瘤病Ⅰ型良恶性进行判断，即区分恶性周围神经鞘膜瘤 (MPNST) 和丛状神经纤维瘤 (PNF) 的良性前体病症。


神经纤维瘤病Ⅰ型 (neurofibromatosis type 1，NF1)，为常染色体显性遗传病，以多发性神经纤维瘤、恶性周围神经鞘膜瘤、多处牛奶咖啡斑、腋窝与腹股沟雀斑、虹膜错构瘤(Liseh结节)及多种骨病变等为病变特征，累计中外胚层组织，现已明确其病因为NF1基因突变。

丛状神经纤维瘤 (plexiform neurofibroma，PNF) ，一种良性周围神经鞘瘤，为NF1型的主要表现之一。PNF多发生在NF1型的患者中，临床表现为孤立性、无痛性皮肤结节，多见于头颈部，其次躯干和四肢。

恶性周围神经鞘膜瘤 (malignant peripheral nerve sheath tumors，MPNST)，通常表现为持续增大的可扪及肿块，可伴或不伴疼痛。约占所有软组织肉瘤的5-10%，可为原发，亦可继发于NF1。MPNST患者预后很差，5年生存率为16-52%。2

“通过超低深度全基因组测序（ultra-low-pass whole genome sequencing）与cfDNA 片段大小分析，我们能够敏感而具体地将 MPNST 患者与那些携带良性前体病变的患者区分开来，首次证明了可以通过液体活检的cfDNA分析，对遗传性癌症易感综合征人群中的恶性肿瘤与癌前病变进行区分。”文章作者之一 Aadel Chaudhuri（华盛顿大学 Siteman癌症中心生物学家、ctDNA工作组组长）解释说。

通过这种方法，该团队的成员评估了16名未受影响的志愿者和37 名NF1患者（ 23 名 PN 患者和 14 名 MPNST 患者）血液样本中的cfDNA。与MPNST患者组织样本发现的特征类似，来自 MPNST 患者的cfDNA包含特征性的染色体异常。
通过对cfDNA 片段大小、拷贝数变异和基因组不稳定性分析，研究团队构建了一个分类器模型，能够判断个体是否带瘤。同时，在未接受治疗的患者中判断良恶性方面能够实现86%的准确性（75%灵敏度和91%特异性）。
文章作者表示：“MPNST和PN患者的cfDNA中存在重要的NF1拷贝数缺失，而这在健康的个体中是没有的特征。同时，MPNST患者cfDNA相比PN患者拥有显著更不稳的肿瘤基因组，在关键基因位点存在拷贝数变化。因此，通过液体活检的方法区分MPNST和PN患者可以实现较高灵敏度和特异性。”
研究小组报告，在一段时间内收集的样本中，基于cfDNA的分析工具正确分类了89%的MPNST和PN病例，敏感性为83%，特异性约为91%。
Chaudhuri还指出，当研究人员量化连续MPNST样本中的ctDNA，进行概念验证分析时，他们发现该方法可能有助于跟踪肿瘤治疗反应，并检测治疗后昂贵的放射成像未能显示的、与复发相关的微小残留病灶（MRD）。
现有的研究结果可能为改善高危癌症易感人群的早期癌症检测和监测奠定基础。未来，或将有更便宜、更灵敏的血液检测方法，帮助患者提前预知肿瘤变化。
参考文献：
1.Blood Testing Distinguishes Benign Tumors From Precancerous Condition | Genomeweb
2.https://sarcomahelp.org/translate/ch-mpnst.html



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