本文利用翱锐生物自主研发的淋巴瘤Panel检测了42个配对肿瘤组织(gDNA)和血液样本(ctDNA)中的体细胞突变。总共在组织和血液样本中分别检测到362和361个体细胞突变,其中94个基因在两类样本均能检测到突变,40个基因相关的209个突变仅在血样样本中检测到。在组织样本中,前5位高频突变基因分别是TTN(36%),KMT2D (26%), PCLO (24%), IGLL5 (19%)和PIM1 (19%)(图1A),在外周血样本中,前五位高频突变基因分别是KMT2D (60%), NCOR2 (52%), CEBPA (45%),MUC16 (45%), 和PCLO (45%)(图1B)。比较组织和血液样本中前30位突变基因,不仅发现了16个共有基因具有可比的变异等位基因频率(VAF),而且组织和血液样本的平均VAFs具有显著相关性。这些发现表明ctDNA可以作为组织肿瘤基因组标记物的替代。此外,本研究还发现了一些亚型偏好的突变基因。例如,PIM1和MYD88为DLBCL亚型中高频突变基因,而在NK/T样本未检测出突变。
2)基于ctDNA的bTMB与临床病理特征的关联分析
肿瘤突变负荷是一项可定量的新兴肿瘤潜在生物标记物,用来反映肿瘤细胞中所含有的突变数目。本研究统计了组织和血液样本中肿瘤细胞每百万碱基的非同义突变数作为tTMB和bTMB。结果发现42个配对基线组织和血样样本的tTMB和bTMB存在一定程度的正相关(图2A)。此外,虽然研究未发现不同患者疾病进程和亚型间存在显著的bTMB差异,高侵袭B细胞淋巴瘤患者基线样本的bTMB高于惰性B细胞淋巴瘤的bTMB(图2B),且疾病进展患者的bTMB值高于治疗缓解的患者的bTMB(图2D)。
3)突变基因调整的IPI对NHL具有更佳的预后性能
国际预后指数(IPI)是目前广泛应用于NHL的预测指标。本文综合了患者的临床特征包括年龄、分期、结外侵犯部位数、血清乳酸脱氢酶水平等将患者分为低危(0-1),中低危(2),中高危(3)和高危(4-5)四个危险组。鉴于有时临床观察具有相同IPI评分却有不同的预后,本文研究调查了是否一些基因突变能够提高IPI模型对NHL的预后性能。研究发现在基线血液样本的前30位突变基因中,EP300 (P=0.032), CD79B (P=0.038)和PIM1 (P=0.012)突变患者的OS明显较短,而NCOR2 (P=0.014)突变患者OS明显较长。此外,IGLL5 (P=0.0071)突变患者的PFS明显较短,而CEBPA (P=0.042)突变患者PFS明显较长(图3)。进一步研究将这些与患者OS和PFS相关的基因突变纳入到IPI模型中,调整后的IPI模型的一致性指数(C-index;OS: 0.85; PFS: 0.84)均显著高于优化前的值(OS: 0.67; PFS: 0.66)。
4)治疗前后ctDNA中基因组改变和药物抵制点识别
除了基线样本ctDNA的相关研究外,本研究同时对17个NHLs患者的治疗前后ctDNA变化进行了动态监测。(图4)展示了治疗前后前30位突变基因图谱。研究发现治疗后样本突变数(176)远远大于基线样本突变数(63),尤其是DLBCL样本。进一步研究分析了11例接受R-CHOP治疗DLBCL患者治疗前后在13个已报道与淋巴瘤发展相关基因上的VAFs变化。研究发现了一些耐药相关的基因突变,如:CDKN2A(p.A127T), KMT2A, PIM1, NCOR2和TTN,和一些药物靶标基因如CEBPA, MYD88和PCLO(p.L1220Tfs*3)(图5)
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